Kembali ke Jakarta, pada tahun 1993 Azyumardi mendirikan sekaligus menjadi Pemimpin Redaksi Studia Islamika, sebuah jurnal Indonesia untuk studi Islam.
Sebelumnya, ia pernah menjadi wartawan Panji Masyarakat (1979 – 1985). Pada tahun 1994 – 1995, Prof Azra mengunjungi Southeast Asian Studies pada Oxford Centre for Islamic Studies, Oxford University, Inggris, sambil mengajar sebagai dosen pada St. Anthony College.
Pakar demokrasi dan Islam ini juga pernah menjadi professor tamu pada Universitas Filipina dan Universitas Malaya, Malaysia, pada tahun 1997. Prof. Azra juga merupakan anggota Selection Committee of Southeast Asian Regional Exchange Program (SEASREP) yang diorganisir oleh Toyota Foundation dan Japan Center, Tokyo, Jepang antara tahun 1997 dan 1999.
